在被孙鑨拒绝之后，孙丕扬等人很清楚，走文选司的路子显然是不行的，必须想其他的办法才行。而李三才则是许以重利，承诺事成之后，给孙丕扬银五万，张问达三万，两人于是商量出了一个李代桃僵的办法，先令李三才告病出缺，这是大明的正常操作。
官员生病无法履职，可以向朝廷告病出缺之后先养病，等到病愈之后再向吏部申请重新安排职务，李三才在告病之后自然是以病愈为由重新向吏部申请安排职务。
按照吏部的分工，此事自然是有稽勋司负责，稽勋司照例拟定了复职的建议，送吏科审核之后实施，而孙丕扬和张问达就在这个时候做了手脚，他们以银钱一万的高价，买通了吏部文选司都吏，再吏科批准复职的文书中夹带了私货，原本应该是李三才复职，这是有稽勋司批准了的事情。
但是孙丕扬和张问达伪造文书，在其中夹杂了一份文书，就是升迁李三才的文书，为了防止孙鑨仔细翻阅发觉此事，他们买通了文选司都吏，在孙鑨要去参与吏部部选时请孙鑨签批，孙鑨认为此事是稽勋司拟定，吏科批准的东西，再加上都是开缺官员复职，没有什么问题，不察之下，予以签批。
而孙丕扬、张问达早就将一应文书做好了，孙鑨签批之后，他们和被买通的吏科都吏一道，将提前伪造好的各种文书存入吏部文选司阁架库之中，从档案上将李三才予以修改，原本李三才是在云南知府任上出缺的，稽勋司的意见也是起复知府，但是经过孙丕扬等人的修改。
经过孙丕扬等人的篡改过的档案，就变成了李三才在云南知府任上已经被吏部文选司批准升迁江西按察副使，但是未及上任就因病出缺，而李三才在病愈之后自然是以原官选用，而根据他们的伪造的档案，由于之前李三才已经被升为江西按察副使，所以以原官起复，授署贵州右布政使，按察副使是可以直接升任右布政使的，李三才是以原官起复再加署事，也就是暂代职务，等候升迁，在确实是符合大明相关的规定的。
经过他们的谋划，李三才最终得以署贵州右布政使之职，随后李三才再度使用钞能力，以考绩优异，治绩优良为由，去署升迁，也就是正式升迁为贵州右布政使，不过在当上了布政使之后，李三才就有些飘了，再次上疏，他以为朱载坖早就把他给忘记了，但是不巧的是，堂堂托塔李天王李三才，朱载坖怎么忘记，接到他的奏疏之后，朱载坖当即命令详查。
在锦衣亲军详查之下，这些事情很快就能够弄清楚，此外李三才在通州所营建的府邸也被锦衣亲军所查抄，起获了大量的财物，李三才也被锦衣亲军解到京师来了，现在此案业已查清，所以锦衣亲军向朱载坖复旨，并且请求朱载坖御批处分。
朱载坖看过之后，命令锦衣亲军将人犯、卷宗等一应证据全部移送都察院和大理院，依大明律审断，同时将此案的全部细节昭告皇明时报，同时刊印朱载坖的御批：“李三才、孙丕扬、张问达与前诛逆犯顾宪成等，朋比为奸，结党祸国，虽古之奸臣，如伯嚭、竖刁、赵高、江充之辈，如何能比？即我大明二百年来，逆振、逆瑾之辈，亦何足道哉？”
“如伯嚭、竖刁、赵高、江充之辈，所欲者，财货也，权柄也，私利也，所倾者不过一国一家之天下，至于逆振、逆瑾之辈，更不足道也！而彼等内实险詖，外貌小谨，巧言令色，妬善嫉贤；所欲进，则明其美、隐其恶，所欲退，则明其过、匿其美，使主赏罚不当，号令不行，如此者，所欲亡者，天下也！”
“彼辈乃敢溺私心、树朋党、各徇其好恶以为是非。至使人君惩偏听之生奸。谓反不如独见之公也。朋党之罪、可胜诛乎。彼不顾好恶之公。而徇其私昵。牢不可破。朝廷用一人、则相与议之曰。是某所汲引者也。于是乎远之若浼。曰、吾避嫌也。不附势也。争怀妒心。交腾谤口。以媒蘖之。必欲去之而后快。朝廷去一人、则相与议之曰。是某所中伤者也。亲昵者为之惋惜。疎远者亦慰藉称屈。即素有嫌隙者、至此反致其殷勤。欲借以释憾而修好。求一人责其改过自新者、无有也。于是乎其人亦不复自知其过恶。而愈以滋其怨上之心。是朝廷之赏罚黜陟、不足为轻重。而转以党人之咨嗟叹惜为荣。以党人之指摘诋訾为辱。乱天下之公是公非。作好恶以阴挠人主予夺之柄。朋党之为害。一至是哉。”
“朕即位以来，申太祖之法度，用世庙之章程，告诉再三，以前宋朋党为戒，然彼等终然不悔，结党乱政，使铨政失公，朝廷失度，则朕之三尺剑，必加诸于彼等也！案涉各犯，俱送法司依律审断，各犯文字，永为毁禁，敢有藏匿、影射、招魂乱政者，以谋逆族诛之！”
朱载坖已经很久没有这么重处过臣子了，即便是贪墨等犯罪，朱载坖一般也就是严厉追赃之后依律审断，但是对于追毁出身以来文字的使用，朱载坖还是极为慎重的，这次李三才案使得朱载坖罕见的下了重手，同时通过报纸将此案的全部过程公之于众。
这下将什么为民请命的面皮给全部揭穿了，锦衣亲军将李三才怎么收钱，然后为一些犯事的地主、豪绅开拓，事后又怎么将这些勾当包装成为为民请命的，都一一予以说明了，刊登在报纸上之后，举国哗然，一个收受巨额贿赂的贪官，居然能够和朝廷执掌监察的给事中勾结在一起。
甚至还能够卖官鬻爵，使得一个受过御批处分的官员得以朦胧推升至布政使高位，简直是滑天下之大稽！