洛凛带领学员们冲破遗迹密室的桎梏时，地面突然裂开深渊，无数由暗物质凝结的触手破土而出。学员阿星的共生武器被触手腐蚀，洛凛立刻挥刀斩断威胁，共生战刀与暗物质碰撞溅起金色火星：“保持阵型！这些怪物的弱点在核心红光处！”他们组成的共生之阵光芒大盛，将触手群切割成星屑，但密室深处传来的机械轰鸣预示着更大的危机——观测者议会遗留的自毁程序正在启动。
与此同时，伊璇在熵能增幅器前陷入苦战。观测者议会首领突然摘下兜帽，露出半张由数据流构成的面孔：“你以为摧毁增幅器就能阻止混沌？太天真了！”他手中权杖一挥，增幅器表面浮现出血色纹路，化作巨大的暗物质牢笼将伊璇困住。永恒之树的根系疯狂生长试图突破，却在接触牢笼的瞬间碳化。千钧一发之际，洛凛等人及时赶到，共生之力与树灵残留的星光交织，在牢笼上撕开一道裂缝。
林羽的飞船在能量核心爆炸的余波中翻滚，船体外壳崩解剥落。他将手掌按在万象终焉剑上，全宇宙文明的信念突然化作实体光链缠绕剑身。当剑刃刺入核心的刹那，他看到了宇宙诞生的记忆——创世神们创造混沌原核，本是为了维系宇宙新陈代谢的平衡，却因观测者议会的贪婪与恐惧，将其扭曲成毁灭之力。“原来我们一直都在守护错误的认知！”他怒吼着挥出最后一剑，能量核心爆发出的光芒中，初代观测者的虚影浮现，将一枚蕴含真相的水晶碎片投入他怀中。
沈梦璃在虹桥网络的核心区域，精神体正与数据波核心的暗能量球体激烈缠斗。她的防御程序不断被侵蚀，意识却突然捕捉到数据波动中的异常频率——那是观测者议会残留的加密指令，正在暗中操控宇宙各处的熵能增幅器。“必须在它们全部启动前切断指令！”她冒险将自身意识与整个虹桥网络融合，在数据洪流中逆行，终于找到指令源头。当她用初代观测者的水晶碎片破解加密时，整个网络爆发出刺目白光，数据波核心在光芒中轰然破碎。
雷掣与暗裔首领的对决进入白热化阶段。暗裔首领的机械身躯突然分解重组，化作由熵能构成的液态形态，每一次攻击都能扭曲周围时空。雷掣的量子核心濒临过载，却在此时收到沈梦璃传来的关键信息——暗裔的弱点是其能量转换装置的冷却系统。他佯装败退，诱使首领近身，然后将量子光翼化作利刃，精准刺入对方后背的散热口。伴随着刺耳的金属撕裂声，暗裔首领的身躯开始崩解，熵能裂变装置的启动程序也随之终止。
全宇宙文明的舰队在暗物质漩涡外围遭遇顽强抵抗。暗裔的母舰群释放出能吞噬光线的“熵雾”，舰队的武器在雾中纷纷失效。就在局势陷入僵局时，各个文明的科学家紧急联合，研发出利用恒星辐射驱散熵雾的装置。当第一束经过特殊调制的星光穿透熵雾，暗裔母舰群的位置暴露无遗，舰队的集束炮如流星雨般倾泻而下，将敌人彻底击溃。
伊璇在洛凛等人的协助下，终于接近熵能增幅器核心。她将时空之泪与永恒之树的种子融合，在增幅器表面种下“希望之种”。种子瞬间长成参天巨树，根系贯穿整个装置，吸收其中的暗能量并转化为纯净的宇宙本源。观测者议会首领在能量反噬中发出不甘的怒吼，化作数据流消散前，他咬牙切齿道：“混沌原核的苏醒...只是时间问题...”
战斗结束后，宇宙中漂浮着无数文明的残骸与能量碎片。林羽召集守护者们，将初代观测者的水晶碎片投影放大，其中的信息震惊众人：宇宙每隔千亿年就会经历一次“熵变轮回”，而混沌原核正是轮回的关键钥匙。若强行封印，反而会加速宇宙的熵增死亡。“或许我们该做的，不是对抗，而是引导。”林羽握紧剑柄，剑上的创生纹路再次亮起，“从现在起，我们不再是单纯的守护者，更是宇宙平衡的协律者。”
沈梦璃将虹桥网络升级为“宇宙协律中枢”，用于监测各处熵能波动；雷掣带领机械生命体成立“熵能研究院”，探索安全利用熵能的方法；洛凛的学院开始招收不同文明的学员，传授共生与守护的理念；伊璇的永恒之树在宇宙各处生根发芽，成为希望的象征。
在遥远的宇宙边缘，一颗被遗忘的星球上，某个神秘存在缓缓睁开眼睛。它望着天空中闪烁的银河，嘴角勾起一抹意味深长的微笑——新的轮回，或许已经在暗中悄然开启，但守护者们早已做好准备，以全新的姿态迎接未来的挑战。