新生宇宙的星空中，林羽化作的星尘突然开始诡异地排列，勾勒出初代观测者遗留的警示符号。沈梦璃的万象档案馆量子警报骤然响起，新安装的维度监测器捕捉到异常波动——在宇宙边缘的“遗忘星域”，暗紫色种子萌发的藤蔓正以跨维度的方式生长，所过之处，恒星被腐蚀成暗物质结晶，行星沦为漂浮的骸骨。“这些藤蔓的生长模式与观测者棋盘的网格结构完全吻合，”她放大全息投影，声音中带着恐惧，“暗种在重建更高维度的囚笼。”
伊璇守着混沌密钥树的灰烬，新生的生命之种却迟迟未发芽。直到某天深夜，树灵残留的意识如萤火般浮现：“种子需要用文明的‘未诉遗憾’浇灌...但那将唤醒沉睡的记忆...”她咬牙将共生体融入灰烬，无数尘封的画面涌入脑海——初代观测者们在绝望中献祭自己封印熵暗之主的场景，以及宇宙诞生时第一缕光与暗的交锋。与此同时，种子破土而出，却长出了暗紫色与翠绿交织的枝条。
阿岚分裂的光点在各个维度游荡，其中一部分突然汇聚成实体。她在精神世界中再次遇见银色面具孩童，此刻孩童的身体透明如琉璃，手中捧着一个微型宇宙：“姐姐，暗种是观测者的观测者留下的‘重启键’，但...或许我们能篡改它的程序。”阿岚的多元仲裁者形态重新凝聚，却发现自身力量与暗种产生了诡异共鸣，她每使用一次能力，暗紫色藤蔓就会加速生长。
洛凛的命运熔炉旁，失忆的学员们对着残缺的宿命之刃残片发呆。当暗紫色藤蔓的阴影笼罩星球时，其中一名学员突然握住碎片，记忆如潮水般涌来——他曾在暗维空间目睹暗种的核心，那里跳动着与林羽星尘相同频率的光芒。“林羽没有消失，”学员的声音颤抖，“他的意识被困在暗种的生长核心，正在用最后的力量延缓灾难！”
雷掣重组的星环机械群在巡逻时，发现暗紫色藤蔓的节点处存在能量传输网络。他冒险将意识接入网络，看到惊人画面：更高级的存在正通过暗种，将无数平行宇宙的文明转化为“能量电池”。星环突然自主变形，化作能切割暗物质的螺旋刃，却在接触藤蔓的瞬间，被腐蚀成暗紫色的傀儡机械。
全宇宙文明联合议会再次分裂。激进派主张用反物质炸弹直接摧毁暗种所在星域，哪怕引发连锁毁灭；保守派提议建造超巨型防护罩，将宇宙核心与暗种隔离；而新兴的“共生派”则认为应尝试与暗种沟通，寻找共存之道。三方争执不下时，暗紫色藤蔓突然穿透议会总部，将议员们的意识拖入一个由无数镜面组成的空间，每个镜面都映出文明不同的毁灭结局。
沈梦璃在档案馆深处找到初代观测者最后的“意识备份盘”，其中记录着对抗更高维度存在的终极方案——“创生逆熵协议”。协议需要集齐宇宙中最纯粹的“希望、遗憾、勇气与绝望”四种能量，将其注入暗种核心，逆转其生长逻辑。但每收集一种能量，都可能引发不可控的维度震荡。
伊璇带着新生的双色世界树踏上寻找“遗憾能量”的旅程。在一颗即将被暗物质吞噬的星球上，她见证了文明最后的艺术家将毕生心血化作光雕，那光芒中饱含着对未完成作品的遗憾。世界树的暗紫色枝条贪婪地吸收光芒，而翠绿枝条却将其净化成对抗暗种的力量。
阿岚与银色面具孩童潜入暗种的程序空间，发现暗种的核心是一个由无数同心圆组成的“命运转盘”，每个圆代表着一种文明的演化路径。他们试图篡改转盘的运行逻辑，却触发了更高级存在的防御机制，无数暗紫色数据洪流将他们淹没。
洛凛带领学员们前往“勇气能量”的诞生地——一片被暗紫色藤蔓包围的战场。在那里，无数无名战士明知必死，仍高举武器冲向藤蔓。学员们被勇气感染，将自身信念与战士们的精神融合，形成一道能暂时击退藤蔓的金色屏障。
雷掣在被腐蚀的星环机械中植入病毒程序，试图夺回控制权。当他的意识再次潜入暗物质网络，发现暗种的根系已触及宇宙的本源能量。千钧一发之际，他引爆部分星环，用爆炸产生的乱流干扰暗种的能量传输。
当四种能量逐渐集齐，守护者们向暗种核心发起总攻。但在接近核心时，他们遭遇了由观测者的观测者投影而成的“维度守卫”。这些守卫的力量超越物理法则，每一次攻击都能改写空间规则。而在暗种核心深处，林羽的意识正与暗种的意志激烈对抗，他的星尘光芒越来越弱，留给守护者们的时间，已经不多了……