神秘访客消失后，宇宙中开始出现诡异的“时空涟漪”。沈梦璃的文明本源数据库监测到，这些涟漪的扩散路径与当年暗种的根系如出一辙，不同的是，涟漪中裹挟着远古文明的残影——破碎的建筑、扭曲的科技装置，还有无数发出无声呐喊的灵魂。“这不是自然现象，”她的声音被数据警报声割裂，“是某种存在在强行唤醒宇宙深处的‘记忆残渣’。”
林羽的终末之剑突然发出悲鸣，剑身浮现出细密的裂纹。他的意识被拽入一个由黑暗与星光交织的空间，在那里，他遇见了无数个“失败的自己”——有的倒在暗紫色藤蔓之下，有的沦为观测者的傀儡，还有的...亲手摧毁了自己守护的文明。“这是未来可能发生的场景，”初代观测者的残魂在裂缝中闪烁，“古老存在的力量，能让‘可能性’具象化。”
伊璇的世界树结出的果实开始渗出黑色汁液，每一滴汁液落地，就会生长出一株散发着腐臭气息的幼苗。树灵的意识变得癫狂：“它们在污染生命本源...那些幼苗是‘反世界树’，要将所有文明的生机转化为毁灭之力！”她的共生体与黑色汁液接触的瞬间，身体开始浮现出与神秘访客长袍相同的纹路。
阿岚在维度巡逻时，发现平行宇宙的边界出现了“时空肿瘤”。这些肿瘤不断吞噬周围的维度，将其转化为诡异的灰色地带。当她试图用多元仲裁者形态清除肿瘤时，肿瘤中伸出无数触手，将她拖入一个由无数镜面组成的空间，每个镜面都映出她不同的“堕落形态”——被黑暗吞噬的她、成为暴君的她、甚至与古老存在融为一体的她。
洛凛的学院里，出现了能预知未来的“噩梦预言者”学员。这些学员每晚都会做相同的梦：宇宙被一座巨大的黑色金字塔笼罩，所有文明在塔下化为灰烬。当他们试图将梦境告知他人时，声音会变成刺耳的尖叫，身体也开始长出暗紫色的鳞片。“这不是普通的预言，”洛凛握紧宿命之刃，“是某种力量在强行植入绝望。”
雷掣的宇宙边界防线遭遇“虚空偷渡者”。这些由纯粹暗物质构成的生物，能无视所有物理攻击，它们的存在会让周围的空间产生“熵增漩涡”，将一切物质分解成基本粒子。雷掣在战斗中发现，偷渡者的行动似乎遵循着某种复杂的几何图案，而这个图案，与沈梦璃检测到的时空涟漪轨迹完全吻合。
全宇宙文明联合议会紧急启动“深渊预警计划”，但各方势力的分歧再次显现。秩序派主张用绝对秩序的力量构建“维度防火墙”，混沌派提议释放所有混沌本源制造能量乱流，调和派则试图寻找与古老存在沟通的可能。三方争执不下时，议会大厅的穹顶突然降下黑色雾气，雾气中传来古老而低沉的声音：“你们的挣扎，不过是我棋局中的注脚。”
沈梦璃在数据库深处发现了一段被加密的远古影像。画面中，初代观测者们与一个形似黑色金字塔的存在展开战斗，最终他们用自己的意识构建封印，将其困在宇宙的“盲域”。“盲域正在消失，”她将数据共享给守护者，“古老存在即将突破封印，而它的目标...是吞噬所有文明的‘存在意义’。”
林羽带领守护者们兵分多路。他与沈梦璃前往宇宙盲域，试图加固封印；伊璇留在世界树，对抗反世界树的侵蚀；阿岚深入时空肿瘤的核心，寻找破解维度吞噬的方法；洛凛和学员们在现实世界清除噩梦预言者的影响；雷掣则带领机械军团追踪虚空偷渡者的源头。
当林羽和沈梦璃接近宇宙盲域时，一座巨大的黑色金字塔正在虚空中缓缓旋转，金字塔表面的纹路与时空涟漪、偷渡者的行动轨迹完全一致。金字塔的顶端，神秘访客的身影浮现，他摘下兜帽，露出与林羽相似的面容：“欢迎来到终局，我的‘失败品’。”话音未落，金字塔爆发出足以撕裂时空的黑色光芒，宇宙的平衡，再次濒临崩溃。