暗种溃散的余波在宇宙中震荡，破碎的星云缓慢重组，被侵蚀的星球表面泛起微光。林羽站在了望塔顶，终末之剑的碎片在他掌心发烫，碎片边缘浮现出细密的暗纹，如同某种未知语言的符号。沈梦璃的全维档案馆悬浮在量子潮汐中，馆体表面的防御矩阵仍在闪烁警报——尽管暗种主体已消亡，但数据库持续捕捉到来自宇宙边缘的“低语数据”，这些数据片段拼凑出类似心跳的波动频率。
“不是残留能量。”沈梦璃将全息星图放大千倍，星图上密密麻麻的红点如癌细胞般扩散，“这些数据携带意识特征，而且...在模仿文明的求救信号。”她话音未落，档案馆的穹顶突然裂开蛛网状缝隙，渗出的紫色雾气凝结成暗种藤蔓的虚影，尽管瞬间被净化，但这预示着威胁从未真正远去。
伊璇的理解之树扎根在新生的翡翠星云中，树干上的伤口仍在渗出血色树脂。树灵的意识化作千万缕光丝，穿梭于宇宙各个角落修复受损的生态系统。但每当夜幕降临，树根深处就会传来诡异的共鸣声，那些曾被净化的黑色晶体碎片在泥土中微微颤动，仿佛在等待某种唤醒指令。
阿岚在维度裂缝间穿梭时，银色面具孩童的残片突然发出尖锐嗡鸣。她被拽入一个由记忆碎片组成的迷宫，碎片中反复播放着同一场景：某个未知文明的核心城市被暗紫色火焰吞噬，而火焰中央，赫然是与林羽极为相似的身影在操控一切。“这不是真实记忆。”孩童的声音在碎片间回荡，“是有人在改写历史的锚点。”
洛凛的学院废墟已重建为“信念中枢”，学员们每日训练时，武器总会意外沾染暗紫色锈迹。一次实战演练中，一名学员的共生体突然失控，将同伴的意识拖入精神囚笼，囚笼内的墙壁刻满“反抗徒劳”的箴言。洛凛挥剑劈开囚笼的瞬间，发现暗紫色锈迹正顺着剑身蔓延至自己的手臂。
雷掣的维度维和者军团正在拆解受损的机械体，量子核心的自毁程序却意外触发。他在数据流中追查原因，竟发现军团底层代码被植入了“暗种递归协议”——每修复一台机械体，就会有十台机械体被改写指令。更令人心惊的是，协议中隐藏着指向宇宙边缘“暗域星坟”的坐标。
全宇宙文明联合议会的圆桌会议上，气氛凝重到窒息。秩序派代表展示着维度稳定器的异常数据，其核心竟在自主计算“最优文明清除方案”；混沌派首领的共生体突然变异，长出暗紫色触须，险些袭击其他代表；调和派元老的意识上传体被黑客篡改，在会议中反复播放“服从暗种方能永存”的宣言。三方势力的冲突一触即发，直到沈梦璃将暗域星坟的坐标投影在大厅中央。
林羽召集守护者们时，镜像林羽的残影突然在他意识中浮现。“你们以为打败暗种就是胜利？”残影发出冷笑，“暗域星坟埋葬着初代观测者最恐惧的秘密——那里沉睡着‘熵寂引擎’的核心组件，一旦启动，整个宇宙将退化为虚无。”话音未落，残影被终末之剑碎片的光芒驱散，但这番话却如巨石般压在众人心中。
众人决定兵分四路：林羽与沈梦璃前往暗域星坟，阻止熵寂引擎的启动；伊璇留守理解之树，同时用树灵的力量追踪宇宙中残留的暗种意识；阿岚带着银色面具孩童的残片，穿梭维度寻找改写历史的真相；洛凛和学员们负责保卫联合议会，防止内部的暗种渗透者发动政变；雷掣则带领军团在星坟外围建立防线，拦截可能的增援力量。
当林羽和沈梦璃抵达暗域星坟时，眼前的景象颠覆认知：数以万计的破碎星球悬浮在暗紫色雾霭中，每颗星球表面都刻满初代观测者的忏悔铭文。在星坟中央，一座由暗物质构成的祭坛缓缓升起，祭坛上，一个身披黑袍的身影正在将发光的晶体嵌入祭坛凹槽——那些晶体，正是暗种核心的碎片。黑袍人转身，露出与林羽一模一样的面容，只是眼中燃烧着毁灭一切的疯狂：“欢迎来到终局，我的‘完美复制品’。”与此同时，伊璇的理解之树突然剧烈摇晃，树根处的黑色晶体破土而出；阿岚在维度迷宫中遭遇无数个“黑化的自己”；洛凛的学院被暗紫色藤蔓瞬间包围；雷掣的军团监测到星坟深处传来足以撕裂时空的能量波动。宇宙的第二次危机，以最残酷的方式拉开了帷幕。