在一片绝望和混乱中，一位面容清癯的年轻医生抵达了堪称人间地狱的哈尔滨。他便是受朝廷委派的全权总医官——伍连德。没有人对这个年仅三十一岁的南洋归侨抱太大希望，毕竟连久经沙场的老军医都对这“黑死病”束手无策。
伍连德的动作却异常迅速果断。抵哈次日，他不顾旁人劝阻，亲自深入死亡漩涡的中心——傅家甸疫区进行实地勘察。眼前尸横遍野、棺木累累的惨状让他触目惊心，但也让他更坚定了必须采用科学手段的决心。通过初步观察，他怀疑这并非传统的腺鼠疫，而是能通过飞沫传播的肺鼠疫，但这需要证据。
十二月二十七日，最关键也最艰难的一步到来了——解剖尸体，确认病原。这在当时的社会环境下是极大的禁忌，被视为对死者的大不敬，根本找不到愿意配合的家属。时间紧迫，伍连德当机立断，顶着重压，秘密解剖了一具日籍女患者的尸体。显微镜下，大量的鼠疫杆菌现出了原形！证据确凿！
伍连德立刻向北京和锡良发去紧急电报，电文清晰指出：“此系肺鼠疫，经呼吸传染，迅猛无比。当务之急，必须立即派遣军队，彻底封锁交通，断绝人员往来！否则，疫情必沿铁路传入关内，酿成全国性浩劫！”
伍连德的电报和他提供的科学证据，如同惊雷，震醒了尚存侥幸的锡良。十二月二十八日，东三省总督府向吉林、黑龙江下达了前所未有的严厉命令：全省动员，不惜一切代价阻断疫情！
命令通过电报线迅速传达到江荣廷的督办衙门。看着电文里“全员动员”、“强制隔离”、“军队封锁”等字眼，江荣廷知道，真正的硬仗来了，这比剿匪要残酷和复杂无数倍。
“绍辰！”江荣廷面色凝重，“立刻以督办衙门名义，通电各路巡防营！”
“是！”
电令一道道发出：
“全省各主要路口、铁路站点，即刻设立检疫站！由当地驻军负责，对所有过往人员，无论官民，强制隔离观察五日，确认无病状方可放行！”
“哈尔滨傅家甸四个防疫区，每区派驻三百士兵，协同警察把守区界！居民按区佩戴白、红、黄、蓝四色布条证章，严禁跨区流动！有特殊原因需跨区者，必须申请特别通行证！”
“各营立即抽调十名识文断字、机灵可靠的士兵，集中跟随伍医生带来的医护人员学习消毒、检疫流程，务必掌握那种……那种‘伍氏口罩’的戴法！”
“执行任务期间，若有民众冲击关卡、抗拒隔离，可按战时条例处置！”
与此同时，锡良也在外交层面全力周旋。经过艰难交涉，迫于疫情压力，日俄方面终于做出了让步。一月十四日，南满铁路停止客运；一月十六日，中东铁路二、三等车厢全面停售车票，仅余的头等车厢乘客也必须在严格检疫后方可登车，且沿途由巡防营士兵在车厢外值守，严禁乘客随意下车，形同移动的隔离监牢。
公路方面，巡防营的各路马队发挥了重要作用。骑兵们沿着长春至吉林、哈尔滨至双城等主要官道日夜巡逻，一旦发现试图绕过检疫站的私人马车，立即拦截，车上人员全部接受检查。对于试图蒙混过关者，处罚极其严厉——没收车辆，人员强制隔离！
马队士兵终日骑马奔波，防护条件有限，不断有人倒下。至一月中旬，仅因巡逻拦截而染疫死亡的马队士兵，就已达到二十三人，代价惨重。
为了安置大量的隔离者，巡防营又承担起协助建设隔离营的任务。全省各地征用了四十五处学校、教堂、庙宇，改建为临时隔离所，可容纳三千余人。但这依然远远不够。伍连德想出了更绝的办法——向中东铁路公司借调了一百二十节空闲的火车车厢，充当流动隔离营，专门收容疑似患者和密切接触者。这些冰冷的铁皮车厢排列在铁路线上，由巡防营士兵在外围严密警戒，防止里面的人逃跑，也阻止外面的人靠近，景象凄凉而肃杀。
随着防疫措施的全面铺开和疫情本身的持续肆虐，江荣廷骤然感到了巨大的压力。巡防营的兵力被拉伸到了极限，要驻守关卡、要分区封锁、要巡逻道路、要警戒隔离营……原本就因为抽调和新军编练而缩编的各路巡防营，顿时捉襟见肘。
看着各地雪片般飞来的请求增兵的电文，江荣廷一股邪火没处发，正好巡抚陈昭因为疫情焦头烂额，打电话到督办衙门询问进展（此时吉林府已有电话线路）。江荣廷对着话筒，忍不住抱怨道：“抚台大人！现在知道兵力不够用了？当初我三番五次想要扩编巡防营，您和度支司那边死活不同意，找各种理由搪塞！好不容易搞起来的延吉屯垦军，您一道命令就给裁撤了！为了省那一年八万两银子！现在倒好，全省防疫，处处要兵，我这几营人马，撒胡椒面都不够！”
电话那头的陈昭被噎得半晌说不出话，脸上青一阵白一阵，他叹了口气，放缓语气：“荣廷，现在说这些还有什么用？当务之急是解决问题！就看……能不能从二十三镇那边，暂调一协新军过来？尤其是哈尔滨方向，压力最大。”
江荣廷一听，心里更是冷笑，但嘴上还是说道：“抚台大人，新军不归我节制，您得跟孟统制商量。”
陈昭放下电话，犹豫再三，还是以巡抚名义，向二十三镇统制孟恩远发出了调用一协新军前往哈尔滨协助执行隔离任务的公文。
公文很快被退了回来，上面只有孟恩远冷冰冰的回复：“新军乃国防劲旅，职责在于抵御外侮，非为处置民事之所用。且新军初成，操练正值紧要关头，不宜轻动。防疫之事，还请抚台督饬巡防营妥善办理。”
孟恩远的态度明确而坚决，他以“军队不宜参与民事”为借口，拒不派出主力。